Источники сообщают, что еще в начале XVI в. на месте Покровского собора находилась деревянная церковь во имя Святой Троицы. Вероятно, поэтому один из престолов нового храма – восточный – сохранил посвящение Троице. Линия запад-восток в соборе символизирует догматы христианской веры. Путь Иисуса Христа, его вход в Иерусалим и последующие крестные страдания, ведущие к воскресению, прослеживаются линией Входиерусалимской и Троицкой церквей, и представляют собой воплощение Нового завета и Святой Троицы – триединого Бога.
Известно, что в конце XVI – начале XVII в. Покровский собор называли Иерусалимом или Входоиерусалимским по имени большой западной церкви. Это связано с «шествиями на осляти». Вербное воскресенье является одним из самых важных двунадесятых праздников церковного года и, благодаря митрополиту Макарию, одна из церквей храма получает посвящение этому празднику
Посол Священной Римской империи, австрийский дипломат Николай Варкоч, побывавший в Московии трижды в 1589–1594 гг., описывает Покровский собор весьма кратко: «В этом же городе перед кремлем находится красивая Московская церковь, превосходное здание, и называется Иерусалимом». Лаконичность этого сообщения обманчива. Здесь в нескольких словах есть и оценка архитектуры, и религиозная традиция. «Шествия на осляти», так красочно описанные Штаденом, еще не раз будут восхищать иностранных гостей.
Мартин Груневег или отец Венцеслав (1562 – после 1606), гданьский торговец, доминиканский монах, позже известный как духовник Марины Мнишек, побывал в России в 1584–1585 гг. Он также был впечатлен праздником Вербного воскресенья. Его описание, в котором Покровский собор назван Троицей, крайне подробно:
«14 апреля в вербное воскресенье я впервые увидел великого князя в процессии от замка из церкви св. Михаила к Троице, [шествовавшей] в таком порядке. Старое высокое дерево с ветвями, обрубленное у корня, было укреплено на санях так, что оно стояло прямо, все его ветви были оклеены листиками из белой бумаги, обмакнутыми в зеленый воск, и сплошь обвешаны яблоками. Сани были покрыты коврами вплоть до земли, а под деревом стояли 4 мальчика в красивом шелковом церковном одеянии, которые пели. 8 лошадей тянули сани, прямо за которыми следовала большая толпа духовенства, все по парам, в роскошных одеяниях, и каждый нес крест, икону, или книгу, все сплошь [покрытые] драгоценными камнями и жемчугом. За ними в отдалении шествовал великий князь. Перед ним шло около десятка пар, которые расстилали с обеих сторон друг перед другом на дороге …кафтаны, вероятно, [это были] те, которых ради праздника выпустили из темниц. По этим одеждам шел великий князь и вел за узду коня, на котором сидел митрополит. И последние со своими платьями бросались догонять передних, как только видели, что конь миновал их [одежды], чтобы у великого князя под ногами все время были платья».
Нейштатский немец Мартин Бер (ум. 1646) в своей «Летописи Московской» упоминает Покровский собор уже во времена Бориса Годунова. Бер прожил в России более двенадцати лет и был лютеранским пастором. В четвертой главе «летописи», посвященной правлению Федора Борисовича Годунова и появлению первого Самозванца, содержится весьма краткое описание Покровского собора, вновь названного «Иерусалимом»: «Красносельцы приняли гонца почтительно, многочисленною толпою проводили его в Москву до главной церкви, называемой Иерусалимом, и возвели на Лобное место, откуда он читал грамоту к жителям столицы». В этом отрывке нашли отражение драматические события Смутного времени. Гонец привез грамоту от Лжедмитрия I, уже подступившего к Москве и заявляющего свои права на русский престол.
Английский поэт и дипломат Джильс Флетчер (1548–1611) оставил потомкам одно из самых известных сочинений о России. Он побывал здесь в 1588 г. с посольской миссией, которая прошла крайне неудачно. Однако его сочинение было издано уже в 1591 г. В основном Московия рисуется весьма мрачными красками, но это сочинение содержит немало бытовых и других важных подробностей русской жизни конца XVI в. Не обошел стороной Флетчер и религиозные традиции московитов. Так, он приводит свидетельства почитания Василия Блаженного:
«Был еще такой же другой, умерший несколько лет тому назад (по имени Василий), который решился упрекать покойного царя в его жестокости и во всех угнетениях, каким он подвергал народ. Тело его перенесли недавно в великолепную церковь, близ царского дворца, в Москве, и причли его к лику Святых. Он творил здесь много чудес, за что ему делали обильные приношения не только простолюдины, но знатное дворянство, и даже сам царь и царица, посещающие этот храм с большим благоговением».
Флетчер, подобно другим путешественникам, не оставил без внимания «шествия на осляти», добавив к предыдущим словам, что «патриарх платит в этот день царю за хорошую службу положенную дань, 200 рублей». По тем временам сумма внушительная!