У северо-восточной стены Покровского собора в 1557 году был похоронен московский юродивый Василий Блаженный. Согласно преданию, сам царь Иван IV почитал и боялся его «яко провидца сердец и душ человеческих».
Юродивые добровольно отказывались от благ земной жизни, сказываясь безумными, не знающими приличий и чувства стыда. По правде же, эти люди были вполне разумные и, во всяком случае, бесстрашные. Часто они эпатировали своим поведением окружающих людей: разгуливали голыми, валялись в грязи, выкрикивали непристойности, но при этом юродивые находились под особым, хоть и негласным, покровительством церкви. А многие, как Василий, после смерти были канонизированы. В силу своего «особого статуса» юродивые, подобно европейским шутам при дворе, «обладали правом» говорить правителям то, за что простые смертные могли поплатиться жизнью.
С самого начала Василий Блаженный не имел никакого отношения к задуманному Грозным царём собору, кроме того, что он постоянно бывал на Торгу, раскинувшемся рядом, перед Кремлевскими стенами. Он был похоронен у строящегося храма. Тем не менее сегодня множество людей называют этот собор его именем, часто даже не подозревая о настоящем названии храма.
Святой Василий родился в 1469 г. в подмосковном селе Елохове, где обучался сапожному делу и вскоре явил провидческий дар. В 16 лет он начал подвиг юродства, подвергая себя лишениям и обучая людей нравственности, и прожил да глубокой старости. Церковный собор в 1588 году прославил Василия в лике святых, а царь Фёдор Иванович установил над могилой юродивого, всю жизнь ходившего нагим и питавшегося подаянием, серебряную раку с позолотой, украшенную жемчугом и драгоценными камнями. Царица Ирина Годунова приказала вышить драгоценный покров на раку святого. Таковым было посмертное воздаяние за его духовные подвиги. Несмотря на суровый XX век, антирелигиозную кампанию, рака и покров святого уцелели в храме.
В юго-восточной части собора, под спудом, находятся мощи другого известного юродивого – святого Иоанна Московского по прозвищу Большой Колпак, умершего в 1589 году. Круглый год он ходил босиком в наброшенной на тело валяной одежде с большим капюшоном (отсюда прозвище), носил волосы до плеч, тяжёлый железный нагрудный крест, вериги, кольца на пальцах и железный колпак. Он публично обличал в грехах Бориса Годунова, когда тот еще не был царём, предсказывал его непростую судьбу. Канонизирован подвижник в 1672 году. Над его могилой была сооружена драгоценная рака, над которой висели его вериги весом более 30 кг.
До прекращения богослужений в Покровском соборе в 1929 г. нижние церкви собора – во имя Василия Блаженного и Иоанна Московского были объединены. От одной раки открывался вид на другую раку, и прихожане вначале молились у раки святого Василия, а затем припадали к раке Иоанна Блаженного. И сегодня верующие могут поклониться мощам праведников. В 2018 г. был восстановлен интерьер церкви Иоанна Блаженного, в которую возвращены вериги, принадлежавшие, по преданию, святому, золочёные накладки на раку и другие уцелевшие реликвии.
Блаженные Василий и Иоанн представлены на многих иконах храма, как святые защитники Москвы и её жителей. В конце XVII в. на восточной стене придела Святой Троицы была написана фресковая икона Богоматери Знамение размером 2,84 х 2,84 м. Она стала почитаемой почти сразу, а потом стала считаться чудотворной. Это стало причиной написания списка с неё на деревянной основе в 1780-х годах. На нём немного изменен состав святых на полях, но неизменно присутствуют Василий и Иоанн. Когда-то этот список висел над входом в придел святого Василия Блаженного, а сейчас икону можно увидеть в экспозиции первого этажа собора.
Ещё одна большая фасадная икона «Покров Пресвятой Богородицы с предстоящими Василием и Иоанном Блаженными» размером 2,5 х 3,5 м была написана в 1780-е годы и помещена на южной стене колокольни собора. С 2007 г. она включена в экспозицию музея и находится в центральной церкви собора.
Эти святыни делают собор уникальным архитектурным и церковным памятником, усыпальницей известных московских юродивых. Сегодня каждый желающий может посетить Покровский храм и ощутить их духовную силу и благотворное влияние на душу и разум.