Один из самых животрепещущих вопросов, горячо обсуждаемых гостями Покровского собора на всех без исключения экскурсиях, касается точного количества храмов, составляющих его ансамбль. Ответить на этот вопрос однозначно достаточно затруднительно, поскольку наши современники видят собор не таким, каким его видел, скажем, Наполеон Бонапарт. А он, в свою очередь, застал собор весьма отличным от того, что было задумано изначально легендарными строителями царя Ивана Грозного. Сохранились свидетельства, подтвержденные результатами археологических раскопок, еще о девяти храмах, в разное время пристроенных к собору, но не сохранившихся до наших дней ввиду упразднения. Перечислим их посвящения: Феодосии Девы, Усекновения главы Иоанна Предтечи, Параскевы Пятницы, Василия Великого, Всех Святых, Сергия Радонежского, Богоявления Господня, апостола Андроника, и наконец, Марии Египетской.
Однако и с дошедшими до наших дней храмами Покровского собора все не так просто. Среди них встречаются, так сказать, храмы-невидимки. Упоминания о них до сих пор периодически встречаются в посвященных собору сетевых материалах, что приводит в замешательство желающих отыскать их in situ рядовых гостей собора или начинающих экскурсоводов. Один из этих таинственных храмов посвящен мученикам Адриану и Наталии, другой – константинопольскому патриарху Иоанну V Милостивому.
Эти церкви вошли в состав собора с разницей в два года в августе 1786 и сентябре 1788 года соответственно. Появились они не в результате пристройки дополнительных архитектурных объемов, а исключительно по желанию двух лиц, подкрепленному богатыми вкладами и распоряжением Московской Духовной консистории.
В северной церкви собора, освященной в память святых Киприана и Иустины, были проведены масштабные работы по возобновлению внутреннего убранства. Средства на это были выделены некоей Натальей Михайловной Хрущевой, которая по завершении работ и обратилась в Консисторию с просьбой переосвятить церковь в честь своей небесной покровительницы Наталии и ее супруга мученика Адриана (сюжеты из жития святых были даже включены в программу росписей храма и сохранились до наших дней).
Точно такая же ситуация произошла двумя годами позже с расположенной рядом малой северо-западной церковью собора, освященной в честь Григория Просветителя Армении: заботами полковника Ивана Ефремовича Кислинского она была отремонтирована и затем официально переименована в честь его святого покровителя.
Первоначальные посвящения, связанные с кульминационными событиями победного похода царя Ивана Грозного на Казань в 1552 году, были возвращены этим храмам только в 1920-е гг. после учреждения в Покровском соборе историко-архитектурного музея.
В заключение стоит сказать, что какой бы то ни было подробной информации о вышеупомянутых вкладчиках не обнаружено. Имеются упоминания о том, что в 1792 году на деньги вдовы помещицы Натальи Михайловны Хрущевой в селе Канищево Рязанской губернии была выстроена церковь Преображения Господня, но для отождествления ее с благодетельницей Покровского собора оснований недостаточно.
С полковником Иваном Ефремовичем Кислинским ситуация обстоит несколько лучше – он мимоходом упоминается в рапортах самого Александра Васильевича Суворова как член Московской конторы провиантского департамента. Известно также, что после своего вклада в Покровский собор прожил он всего пять лет и умер в 1793 году, успев дослужиться до звания генерал-майора. В последний год жизни он построил в принадлежавшей ему подмосковной усадьбе Троицкое (ныне село Троицкое, Клинский район) церковь святой Троицы, руины которой сохранились до наших дней.
Церковь святого Григория Армянского вполне можно назвать странствующей. В сентябре 1849 года в соборе вновь был проведен обряд переосвящения, на этот раз в малой северо-восточной церкви Трех Патриархов Константинопольских, которая после этого около семидесяти лет именовалась церковью Григория Армянского. Сейчас память об этом хранит внутреннее убранство церкви: в росписи стен представлены сцены из жития святого, и именно он, а не Три Патриарха представлен на храмовой иконе в иконостасе.
И хотя в 1920-е гг. всем церквям Покровского собора вернули исторические посвящения, последствия этих перемещений ощущаются и сейчас, затрудняя не только подсчет церквей, но и саму навигацию, и без того довольно-таки непростую.